Tören savaşından on yıl sonra, Japonya kıyılarındaki uzak bir adada bulunan Düello Akademisi'ne (Düello Akademisi) katılmak için Judai Yuuki (Jaden Yuki) adlı bir genç çocuk yola çıkıyor. Orada öğrencileriyle tanışır ve birkaç düşmanla birlikte birkaç arkadaş kazanır. Judai, Osiris Red'in (Slifer Red) en düşük rütbesine koyulur, ancak düellocu olarak değerini kanıtlamak ve etrafındaki herkesin saygısını kazanmak için öğrencilere ve fakülteye karşı becerilerini test etmeye devam eder.