Japonya'nın gölgeleri içinde gizli bir savaş ücretleri. Gizli bir organizasyon, Ninja Ulusal İstihbaratı veya Nin olarak ölümcül misyonları gerçekleştiren yaklaşık 200.000 ninj var. Ama bir meydan okuyucu ortaya çıkıyor: Ninja'nın altında. BM olarak bilinen bu ninjalar her fırsatta Nin'e karşı çıkıyor. Böyle bir BM, ön cephelere gönderilen bir lise yalnızlığı olan Kuro. Onun kaderi ne olacak ve hangi fraksiyon hakim olacak?