Hikaye, Seikyou Özel Akademisine yeni kaydolan lise birinci sınıf öğrencisi Teiichi Niiya'nın etrafında dönüyor. Okulun eski binalarından birinde kaybolduğunda, kendisini anıları olmayan bir hayalet olarak gösteren Yuuko Kanoe adında bir kızla tanışır. Teiichi daha sonra Yuuko'nun akrabası Kirie Kanoe ve habersiz ikinci sınıf öğrencisi Momoe Okonogi ile birlikte hikayeli okulun kötü şöhretli Yedi Gizemini derinlemesine araştırarak onun ölümünü araştırmaya karar verir. Hikaye boyunca Teiichi ve Yuuko, bu hayalet hikayeleriyle ilgili gerçeği keşfeder ve bir yandan sorunlu olanlara yardım ederken, bir yandan da Yuuko'nun ölümünün ardındaki gerçeğe adım adım yaklaşırlar.