Sezon sonbahara döner ve Makoto ile grubu S.E.E.S.'nin kavgası başlar. 'Gölgeler' olarak bilinen tuhaf canavarlarla sona yaklaşıyoruz. Makoto ve müttefikleri, Karanlık Saat'i sona erdirmek için Gölgeler'le ölüm kalım savaşlarına giriyor. Savaşlar boyunca bazıları arkadaşlarının ve ailelerinin ölümüyle yüzleşmeli, bazıları hangi değerli şeylerin korunması gerektiğini fark etmeli, bazıları ise yaşanan savaşlarda anlam bulmalı. Makoto'nun önünde gizemli transfer öğrenci Ryoji Mochizuki belirir. Grup yeni bir sabaha merhaba dediğinde kaderin çarkları dönmeye başlar. Kahramanların her birinin bağları etrafında dönen bir mücadele başlıyor...