Mahiro Yasaka sıradan bir lise öğrencisidir, ta ki bir gün aniden tehlikeli bir canavarın saldırısına uğrayana kadar. Tam her şey kaybolmuş gibi göründüğü sırada, korku yazarı H. P. Lovecraft'ın Cthulhu Mythos'undan şekil değiştiren tanrı Nyarlathotep olduğunu iddia eden Nyaruko adında garip bir kız tarafından kurtarılır.