Madoka'nın evreni yeniden yazması, tüm büyülü kızları cadıları yok ederek kendilerini bekleyen acımasız kaderden kurtarmak için kendini ve mutlu normal günlerini feda etmesinden sonra, umutsuzluk hala kabus olarak bilinen yaratıklarda kendini gösteriyor. Büyülü kız Homura Akemi, Madoka'nın gülümsemesini yeniden görebilme umuduyla tek başına savaşmaya devam ediyor.