Teknolojik gelişmelerin ve robotların bir yaşam biçimi haline geldiği gelecekte Binbaşı Motoko Kusanagi ve Bölüm 9, polis için çok zor olan işlerle ilgileniyor. Bölüm 9, siber suçluları ve onların masumlara saldırma planlarını engellemek amacıyla bilgisayar korsanlarını, keskin nişancıları, dedektifleri ve cyborgları çalıştırıyor.