Bu hikaye öncelikle kahraman Rin Tohsaka'ya odaklanıyor. Babasının ölümünün ardından Rin, hizmetkarı Archer ile birlikte prestijli Tohsaka Hanesi'nin tek varisi olarak Kutsal Kase Savaşı'na girer. Ancak çok geçmeden, lisesinden bir çocuk olan Shirou Emiya'nın kendisini savaşlara dahil ettiğini ve ölümcül bir şekilde yaralandığında beklenmedik bir şekilde onu kurtardığını öğrenir. Çok geçmeden Rin, Shirou ve çağrılan hizmetkarı Sabre ile birlikte Kutsal Kase Savaşı'nı çevreleyen komploları çökertmeye koyulur. Ve böylece hikaye, Shirou'nun güçlerinin ardındaki gerçeği ve onun bir "kahraman" olma yolundaki inatçı iradesinin ardındaki doğayı keşfetmeye başlıyor.