En son gözlerini kapattığında, Glass Heart, suikastçı olarak işlediği eziyetten kurtulması için dua etti. Bir yıl sonra, göğsünde ve onun olmayan anılarında derin bir yara izi keşfetmek için komadan uyanır. Bu canlı flaşlar genç suikastçıyı Shinjuku'ya ve efsanevi şehir avcısı Ryo Saeba'nın kapısına götürüyor. Ancak, Ryo'nun bir zamanlar olduğu süpürücü olmadığı hızla ortaya çıkıyor.